Навчання слухачів у Малій повітряній академії  передбачає допрофесійну теоретично – практичну, виховну та наукову роботу у галузі екологічних біотехнологій та технічної біоенергетики для учнів загальноосвітніх навчальних закладів та практичну підготовку для студентів ІЕБ НАУ з використанням науково-технічної бази «Навчально-наукового центру екологічних біотехнологій, технічної біоенергетики для авіації і космонавтики», авіаційно-космічних тренажерних комплексів МПА, науково-навчального центру „Екобіобезпека” як структурного підрозділу Національного авіаційного університету.

Навчальні групи формуються з студентів Інституту екологічної безпеки Національного авіаційного університету 1- 6 курсів та учнів 10-11 класів загальноосвітніх шкіл.

Програма включає в себе теоретичні та практичні заняття з курсів: Біохімія та біологія клітин, Основи загальної та екологічної мікробіології, Інженерна екологія та менеджмент, Основи утилізації відходів, Основи біоенергетики, Екологічна біотехнологія і технічна біоенергетика для авіації та космонавтики, Моделювання замкнутих систем життєзабезпечення літальних апаратів і космодромів.   Термін навчання для учнів загальноосвітніх навчальних закладів  – 2 роки, для студентів вищих навчальних закладів 2-4 роки.

Програми навчання для учнів загальноосвітніх навчальних закладів  та для студентів вищих навчальних закладів взаємопов’язані та передбачають поступове ускладнення змісту дисциплін з урахуванням того, щоб учні могли теоретичні знання застосовувати на практиці для вирішення екологічних і енергетичних проблем.

Керівник «Науково – технічного центру» — кандидат біологічних наук, доцент кафедри біології Карпенко В. І.